本病的鉴别主要应排除其他易致胸骨后烧灼感或疼痛、咽喉部刺激症状等其他食管疾病，及呼吸、循环等系统疾病。
1.功能性消化不良与功能性烧心症 本病常有紧张、焦虑等精神因素，患者具有烧心、早饱、上腹胀等消化系统症状，但胃镜检查时食管常无炎症性病理改变，食管pH、LES压力测定均正常，亦无肝胆胰腺疾病存在。
2.少数GERD患者可伴有或仅表现为胸痛、咽喉部异物感，或疼痛、声嘶、咽球感、哮喘、咳嗽等食管外表现。当出现这些症状时，应注意与心源性胸痛、气管炎、肺炎、支气管哮喘等疾病相鉴别。
(1)心源性胸痛：常有高血压、糖尿病史，年纪较大，多由于劳累、进食、激动诱发。胸痛有其特征性，与体位关系不明显。含化硝酸甘油等血管扩张药物有效，心电图常有特征性改变。
(2)气管炎、肺炎和支气管哮喘：多有呼吸系统疾病的病史，呼吸道症状明显，肺部可闻及干湿性罗音、哮鸣音。胸片可见肺纹理增粗、肺实变等改变，血白细胞常增高。必须指出，GERD患者胃食管反流严重时，反流物坠积于支气管内，均可导致支气管炎、肺炎或哮喘的发作。
(3)其他：本病还需与食管运动障碍性疾病、食管裂孔疝、食管良性及恶性肿瘤、感染性食管炎等疾病相鉴别。
