蜂蜜广泛运用在消化系统疾病中，主要集中在口腔、咽喉、胃、肠以及肛门。口腔溃疡是一种很常见的疾病，西医病因尚不清楚，中医把口腔溃疡称作口疮，并认为该病多由外感热邪，饮食积滞，或虚火内生，热毒上炎致口疮，当清热泻火，解毒消肿。
蜂蜜乃凉性之物，可清热消肿，滋阴降火，且滋润营养，可辅助治疗口腔溃疡。尹伟栋研究八味锡类散联合蜂蜜辅助阿昔洛韦治疗小儿疱疹性口腔炎的临床疗效，发现其效果优于单纯应用阿昔洛韦。
洪邑善采用大补阴丸加味并局部涂抹蜂蜜治疗130例口腔溃疡患者，总有效率高达89.23%，获得满意效果。蜂蜜也可单用。柯彩燕等通过对50例不同年龄不同患病程度的人选用蜂蜜涂抹于口腔溃疡患处，有效率达100%，并且显效快。
蜂蜜能抑制幽门螺杆菌，也可以调节胃酸的分泌，丰富的营养物质还能促进组织再生作用，空腹服用蜂蜜时，蜂蜜很容易进入到溃疡病发灶，能起到保护胃黏膜的作用，所含的维生素B1、维生素B2和维生素C也可以保护胃黏膜，防止胃溃疡的发生。
魏本祥自1997年以来运用新鲜蜂蜜单味治疗胃十二指肠溃疡40例，与西咪替丁组对照，发现蜂蜜治愈有效率稍高于对照组，并且几乎没有不良反应。蜂蜜在畜牧业也有类似的应用。急性咽炎是一种常见的多发性疾病，发病急。尤阳用蜂蜜苦丁茶含漱治疗急性咽炎110例，1个疗程后，患者症状消失。
蜂蜜用于治疗便秘的情况较多，因其促进胃酸的正常分泌，增强肠蠕动，能显著缩短排便时间。唐晓曙选择无习惯性便秘及其他病变的骨折患者分3组分别给予不同方式治疗，发现空服蜂蜜+肛周按揉+常规护理组排便时间早于其他两组，排便情况最优。
王军等自制蜂蜜栓治疗婴儿便秘，通过对照，发现治疗组腹泻、便血发生率低于对照组，排便情况优于对照组（对照组采用西药治疗）。洪仁华等用花生油、蜂蜜混合液鼻饲联合1、2、3溶液灌肠治疗肠梗阻率；陈德洪等用蜂蜜灌肠治疗老年性便秘，效果好，副作用小。此外，还有报道称蜂蜜可辅助大黄治疗上消化道出血，蜂蜜胡萝卜可治孕妇呕吐。（
